Vodotok rijeke Krke u granicama Nacionalnog parka „Krka“ pripada I. kategoriji. Budući da je to vrlo osjetljivo područje, na lijevoj obali rijeke, na Skradinskom buku, izgrađen je pročistač s trećim stupnjem pročišćavanja, kojim se organska tvar, prije ispuštanja pročišćene vode u rijeku, razgradi oko 80 %. Uređaj je pušten u rad 2006. godine.

Nakon izgradnje pročistača Javna ustanova „Nacionalni park Krka“ prihvatila je da se na uređaj naknadno priključe HEP d.o.o. i Vodovod i odvodnja d.o.o., što je omogućilo obradu otpadnih voda svih korisnika na lijevoj obali rijeke Krke na Skradinskom buku. Zakonima Republike Hrvatske, ali i Direktivom EU (91/271/EEC), propisani su standardi kakvoće otpadne vode prije njezina ispuštanja u prirodni okoliš (more, rijeke…).

Rad uređaja kontrolira se svakodnevno. Izlaznu vodu iz uređaja uzorkuje i analizira Zavod za javno zdravstvo Splitsko-dalmatinske županije. Uzorci vode moraju odgovarati uvjetima propisanim vodopravnom dozvolom i propisanim vrijednostima za vode.

Uređaji za pročišćavanje definiraju se kao vodne građevine s postrojenjima kojima se otpadna voda iz sustava javne odvodnje pročišćava prije njezina ispuštanja u prirodni prijamnik. U radu koriste biološki postupak (isti kao u prirodnom okolišu) s aktivnim muljem, pri čemu mikroorganizmi (najčešće bakterije), uz potrošnju kisika, razgrađuju organske tvari iz vode. Tako se iz otpadne vode uklanja organski ugljik, smanjuje koncentracija dušikovih i fosfornih spojeva i stabilizira mulj. Uspješnost aerobnog procesa biološkog čišćenja otpadne vode ovisi o koncentraciji organske tvari i koncentraciji mikroorganizama. Produkti koji nastaju su mulj, plin i očišćena otpadna voda.

Javna ustanova „Nacionalni park Krka“ planira izgradnju pročistača na Roškom slapu i u Eko kampusu „Krka“ u Puljanima.